Memperoleh Otonomi Khusus dan berganti nama menjadi Provinsi Papua pada 2001.
Sebagian wilayahnya dimekarkan menjadi Provinsi Papua Tengah, Papua Pegunungan, dan Papua Selatan pada 2022.
Pemekaran Irian Jaya/Papua Menjadi 3 Provinsi dan Maluku Menjadi 2 Provinsi (1999–2003)
Irian Jaya Tengah (1999 de jure)
Secara de facto belum pernah terbentuk.
Maluku Utara (1999–sekarang)
Pemekaran dari Provinsi Maluku.
Papua Barat (1999/2003–sekarang)
Pemekaran dari Provinsi Irian Jaya/Papua.
BACA JUGA:Rahasiah Kesaktian Soekarno, Sang Proklamator yang Selalu Lolos dari Ancaman Pembunuhan
Pembatalan Irian Jaya Tengah dan Pembentukan Ulang Papua Barat (2003–2022)
Irian Jaya Tengah secara de facto belum terbentuk.
Provinsi Irian Jaya Barat berganti nomenklaturnya menjadi Provinsi Papua Barat pada 2007.
Pemekaran Papua Menjadi 6 Provinsi (2022–sekarang)
Papua Tengah (1999/2022–sekarang)