Situs ini umumnya terbuat dari bongkahan batu andesit berbentuk balok prismatik atau batu kolom.
Struktur situs terdiri dari bagian seperti sumur, tangga utama, dan lima teras bertingkat-tingkat.
Bagian sumur mengelilingi mata air, sementara tangga utama menghubungkan sumur dengan teras pertama.
BACA JUGA:Mengungkap Mitos Orang Bati, Makhluk Mitologi Tak Terkalahkan di Maluku
Situs ini kemungkinan merupakan tempat pemujaan arwah leluhur, mengingat pola hidup masyarakat prasejarah yang hidup pada masa bercocok tanam dan mengembangkan budaya pengagungan arwah leluhur.
Dengan penjelasan dari Dr. Lutfi Yondri, teori konspirasi mengenai Gunung Padang sebagai piramida dapat dibantah, dan situs ini dapat lebih dipahami sebagai punden berundak yang memiliki nilai sejarah dan budaya yang penting. (*)