Keunikan dan kekayaan budaya yang melingkupinya telah menimbulkan berbagai mitos dan misteri, yang sejatinya menjadi bagian tak terpisahkan dari daya tarik situs ini.
Salah satu mitos yang beredar di kalangan masyarakat setempat adalah tentang sosok tak kasat mata yang diyakini ada di Gunung Padang.
Konon, beberapa orang penjaga berpakaian prajurit kerajaan muncul untuk menyambut orang-orang tertentu yang dipilih.
Meskipun sosok ini tak mengganggu, mereka hanya tampak berdiri di pintu masuk menuju teras utama Situs Gunung Padang.
Namun, perlu diingat bahwa ini hanyalah mitos yang mengelilingi situs ini.
Selain mitos tersebut, ada dua batu dengan ukiran yang sangat unik. Satu di antaranya memiliki motif menyerupai kujang, senjata tradisional Jawa, sementara yang lainnya memiliki ukiran telapak kaki macan.
Kedua batu ini terletak di teras ketiga dan keempat situs megalitikum Gunung Padang.
Sampai saat ini, belum ada yang tahu dengan pasti mengapa ukiran-ukiran ini ada pada batu-batu tersebut.
Beberapa penduduk setempat mempercayai bahwa batu dengan telapak kaki macan adalah penjaga teras kelima, yang secara legendaris mengakibatkan bekas pada batu tersebut.
Yang menjadi keunikan lain di Gunung Padang adalah dua batu yang bisa mengeluarkan bunyi nyaring seperti alat musik gamelan jika dipukul.
Batu-batu ini dikenal sebagai "batu gamelan." Meskipun batu-batu di situs ini mengandung besi, hanya dua batu ini yang menghasilkan bunyi yang memikat seperti gamelan.
Dipercayai bahwa batu-batu ini dulunya digunakan dalam acara khusus untuk musik dan hiburan.